元太祖铁木真出身于蒙古贵族，当时蒙古族信奉萨满教(即珊蛮教)。萨满教是比较原始的宗教，它反映了人类对万物万灵的崇拜。男女神巫被称为萨满，他们用跳大神的方式向天地祈祷，既充当天神的代言人，又代表人们向天神许愿。这种原始宗教没有创教的祖师和教主，没有完整的伦理和哲学体系，也没有固定的活动场所或寺院，神巫不完全脱离生产。由于萨满教比较原始，对于要以武功征服世界的铁木真来讲，萨满教不能发挥“以道护国”的作用，所以铁木真喟叹道：“萨满和天神的距离比常人还远，我们带着萨满随军，只是为了随俗而已。”

铁木真号封为成吉思汗以后，他在征伐金、西夏的过程中，发现道教在宋、金统治地区很盛行，道教中的一派全真教在中国北方势力很大，成吉思汗在出兵西域途中，委派近臣持诏迎请全真教主长春真人丘处机去宣道，诏书中写道：“我这里常思量着神仙你，我不曾忘了你，你休忘了我。”丘处机当时已七十二岁高龄，他应召北上，同十八位弟子一路上饮风餐露，眠冰卧雪，经过长途跋涉后会到了成吉思汗。他竭力劝阻成吉思汗制造杀戮，此外，他还献上了养生之术，甚得成吉思汗欢心，丘处机被封为“大宗师”，掌管天下道教。成吉思汗还谕旨各地，免征道教徒赋税，因此道教有了很大发展。

成吉思汗死后，其第三子窝阔台即位，他对道教仍很重视，他奖励道土献经，并大力资助修建道观。但也并不排斥本民族信奉的萨满教，他的亲属曾请萨满为他驱邪治病。事情发生在窝阔台率领大军出师居庸关去伐金的途中，忽得暴疾，人事不省，随侍左右的人慌了手脚，连忙请萨满为窝阔台祈禳，却不见效，萨满宣称：“全国被杀的军民，尸积如山，引起神的震怒，向神祈祷无效，唯一的办法是由一位亲王领罪而亡。”

这时窝阔台的弟弟拖雷从战场归来，听了萨满的话后，他表示愿意代替哥哥去领罪。萨满就对盛满水的木钵念了咒语，而后用钵中的水洗涤窝阔台的身体，拖雷接过木钵，他祷告以后把木钵中洗澡水喝下去，拖雷因此病倒了，不几日就死去，而窝阔台却病愈。

但萨满教毕竟不如其它有组织、有完整哲学思想体系的宗教，在蒙古疆域越来越大的情况下，越来越多的宗教呈现在蒙古贵族们的面前。除道教外，还有基督教、伊斯兰教、佛教、犹太教、喇嘛教(藏传佛教)等，蒙古贵族们信奉的宗教也就逐渐开始多元化。当贵由继承窝阔台的汗位后，他对基督教很有好感，这是由于他受王傅合答黑的影响，合答黑是个基督教信徒，他对贵由的影响颇深。

蒙哥接替贵由执政后，他乐于同道士打交道，曾多次召见全真派道长李志常，并赐以重金，蒙哥委派李志常代表他到恒山、泰山、衡山、嵩山、华山等地去祭天。蒙哥不仅重视道教，他对伊斯兰教也很尊重，这是由于他受母亲唆鲁禾帖尼的影响，唆鲁禾帖尼出身于蒙古族克烈部，按部族传统信奉景教(基督教的一种)，可是她对伊斯兰教很崇敬，对伊斯兰教给予支持，她曾出资修建伊斯兰学校，并购买村庄捐赠给伊斯兰学校作为资产，她还经常向贫穷的伊斯兰教徒施舍财物。蒙哥从小就受母亲的影响，因此，他掌权以后就大力扶持伊斯兰教，亲自对伊斯兰教徒作施舍。

蒙哥死后，他的弟弟忽必烈继位，这时国家从分裂走向统一，改制称元朝，当他率领军队向吐蕃进军时，会见了当地喇嘛教萨迦派代表人物八思巴，忽必烈即位后就拜八思巴为“国师”，封他为“大宝法王”，并派他为吐蕃地区政治领袖，从此确定了吐蕃与元朝政府的隶属关系。元朝由忽必烈开端，拜喇嘛为国师，以后各代皇帝都循例奉养喇嘛，因此喇嘛地位十分显赫，他们除做佛事外，还参加政治、宗教、文化活动，喇嘛教由此成为蒙古贵族们的主要信仰。

忽必烈死后，蒙哥的孙子铁穆耳继位，他一上台就宣称要奉好先朝成规，其中包括扶植道教、喇嘛教。他曾想干预部下的宗教信仰，强制他们信奉某种宗教。有人向他告发，他的堂兄弟阿难答信奉伊斯兰教，并且其统率下的军人也都成为了伊斯兰信徒，铁穆耳对此非常生气，就派人向阿难答传达命令，要求阿难答停止斋戒，立即到喇嘛寺庙中去烧香磕头。阿难答拒绝执行这项命令。

铁穆耳大为恼怒，下令把阿难答囚禁起来，而阿难答仍不悔改。铁穆耳的母亲伯蓝也怯赤劝告说：“阿难答有很多军队，他统辖下的军民都是虔诚的伊斯兰信徒，如若他们叛乱，那就不得了，你还是让阿难答自己选择信仰吧！”这番话打动了铁穆耳，他就释放了阿难答，并对他加以抚慰，待之以礼，派遣他回去继续统辖军民。从此以后铁穆耳就不再限制部下的宗教信仰。

元朝统治者对各种宗教不加限制，唯独禁止白莲教活动，他们防止白莲教徒秘密结社。但事与愿违，白莲教在长期禁锢下，仍在秘密活动，当元末韩山童，刘福通起义时，他们仍然继承白莲教传统，向弥勒佛烧香磕头。元朝最后40多年，统治者日益腐化，每年用于佛事的钱物，多得惊人，而作为“帝师"的喇嘛依仗权势，无恶不作，元朝末代皇帝妥欢帖睦尔，受喇嘛伽璘真的蛊惑，终日沉溺酒色，不理朝政，盛极一时的元帝国最终土崩瓦解。